A competição será disputada por 39 clubes, na seguinte forma:
1ª Fase: Os trinta e nove clubes, divididos em um grupo de três e nove grupos de quatro clubes, jogam entre si em turno e returno, dentro de cada grupo, classificando-se os dois primeiros lugares em cada grupo para a fase seguinte.
2ª Fase: os vinte clubes classificados na 1ª fase, divididos em dez grupos de dois clubes cada, jogam entre si em ida e volta, dentro de cada grupo, classificando-se os clubes vencedores de cada grupo para a fase seguinte.
3ª Fase: os dez clubes classificados na 2ª fase, divididos em cinco grupos de dois clubes cada, jogam entre si em ida e volta dentro de cada grupo, classificando-se os clubes vencedores de cada grupo e mais os três clubes melhores classificados como segundos dentre os disputantes da 3ª fase.
4ª Fase: os oito clubes classificados na 3ª fase, divididos em quatro grupos de dois clubes cada, jogam entre si em ida e volta, dentro de cada grupo, classificando-se os vencedores de cada grupo para a fase seguinte.
5ª Fase: os quatro clubes classificados na 4ª fase, divididos em dois grupos de dois clubes cada, jogam entre si em ida e volta, dentro de cada grupo, classificando-se os vencedores de cada grupo para a fase seguinte. Todos os clubes classificados para esta fase subirão para a Série C.
6ª Fase: os dois clubes classificados na 5ª fase jogam entre si em ida e volta, decidindo o título de Campeão Brasileiro da Série D de 2009.
A competição começa no próximo domingo, dia 5 de julho e vai até 1 de novembro.